Bei der Aufbauorganisation handelt es sich um die hierarische Struktur in dem Unternehmen. Diese regelt welche Aufgaben durch wen und mit welchem Mitteln zu erledigen sind. Im Vordergrund steht die Strukturierung, also die Schaffung von Organisationseinheiten in Form von bsw. Stellen und Abteilungen. In kleineren Unternehmen kann die Aufbauorganisation auch durchaus nur aus einem Geschäftsführer oder Alleininhaber bestehen.
Die Ablauforganisation hingegen regelt, welche Arbeitsschritte mit den zur Verfügung stehenden Ressourcen in welchem Bereich innerhalb der Aufbauorganisation zu erledigen sind. Aufbau- und Ablauforganisation eines Unternehmens hängen also unmittelbar zusammen.
Wenn ein Unternehmen beispielsweise über die Einheiten Rechnungswesen und Controlling verfügt (Aufbauorganisation), regelt die Ablauforganisation welche Arbeitsschritte vom Rechnungswesen und welche vom Controlling ausgeübt werden sollen. Dies kann je nach Industriezweig und dem verfügbaren Ressourcen in jedem Unternehmen unterschiedlich sein.
Die geschaffenen Strukturen sollten mit zunehmender Größe dann immer wieder ausgebaut oder angepasst werden, um den gewachsenen Anforderungen gerecht zu werden. Interessant in diesem Zusammenhang sind diverse Ansätze, welche scheinbar ohne solche hierarchischen bzw. offiziellen Strukturen auskommen wollen und vermeintlich auch können. Bei genauerer Betrachtung zeigt sich jedoch häufig das genaue Gegenteil: An die Stelle der fehlenden offiziellen Strukturen sind inoffizielle getreten. Letztere entstehen auch in hierarchisch strukturierten Unternehmen. Dies kann unter Umständen dann ein Indikator für eine schlechte Aufbau- oder Ablauforganisation sein, aber auch zahlreiche andere Ursachen haben.